上海交通大學環(huán)境科學與工程學科歷史可追溯到1928年設置的市政工程專業(yè)，曾培養(yǎng)出顧康樂、周文德、顧夏聲、胡家駿、徐曉白等一批杰出校友。環(huán)境科學與工程學院成立于1999年9月，2001年和2002年獲批環(huán)境工程博士點和專業(yè)學位碩士點，2003年獲批環(huán)境科學與工程一級學科博士點，依托上海交大在工科、管理、醫(yī)學等方面的學科基礎，經(jīng)過二十年快速發(fā)展，形成了在國內環(huán)境學科領域的特色優(yōu)勢，成為國際環(huán)境科學與工程領域具有一定影響的教學與科研機構。
為適應我國環(huán)境科學和環(huán)境保護事業(yè)迅猛發(fā)展的需要，在教育部、科技部、生態(tài)環(huán)境部、住建與城鄉(xiāng)建設部、上海市等有關部委、地方和兄弟院校大力支持下，學院在師資隊伍、人才培養(yǎng)、學科建設、科學研究、國際合作、社會服務等方面取得了重要進展，現(xiàn)已形成流域水污染控制與修復、大氣科學與區(qū)域污染控制、固體廢物處理處置與資源化、土壤與地下水污染修復、環(huán)境功能材料、資源環(huán)境管理及應對氣候變化、環(huán)境與可持續(xù)能源、生態(tài)毒理與環(huán)境健康等特色研究方向，組建了一支優(yōu)秀的師資隊伍，培養(yǎng)了一大批環(huán)境保護科學研究、工程技術人才，取得了一系列有影響的科技成果，多項咨政建言被政府采納，為國家重大戰(zhàn)略需求和地方環(huán)境保護提供智力支持與人才支撐。
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